Η υδροχλωρική αμιγουανιδίνη μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως φαρμακευτικό ενδιάμεσο ή ως πρώτη ύλη. Διυδροδιαμίδιο για εποξειδική ρητίνη. Χρησιμοποιείται ως παράγοντας σκλήρυνσης
Η υδροχλωρική αμινογουανιδίνη μπορεί να χρησιμοποιηθεί ως αναστολέας συνθάσης οξειδίου του αζώτου (NOS) για να διερευνήσει την επίδρασή της στη μείωση της απώλειας κυψελιδικής οστού σε περιοδοντίτιδα που προκαλείται από προσδέματα σε αρουραίους. Μπορεί να χρησιμοποιηθεί στη σύνθεση παραγώγων 5-γουανυλυδραζόνης, που έχουν αντιβακτηριακή δραστικότητα έναντι αντιβακτηριακής δραστικότητας εναντίον Escherichia coli και Staphylococcus aureus.